Analyse comparative des génomes chloroplastiques des espèces de mélèzes du nord de l'Asie et du nord de l'Amérique

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Saidani, Amal (2024). Analyse comparative des génomes chloroplastiques des espèces de mélèzes du nord de l'Asie et du nord de l'Amérique. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue. Depositum. https://depositum.uqat.ca/id/eprint/1639

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Résumé

Le genre Larix compte une douzaine d’espèces appartenant à la famille des Pinacées qui sont largement répandues en Amérique du Nord, en Asie et en Europe. Chez le mélèze, le génome chloroplastique (ADNcp) est utilisé comme un code-barre dans les études de diversité génétique ainsi que les études phylogénétiques. Dans cette étude, nous avons assemblé et annoté le génome complet de l’ADNcp de sept mélèzes.

Les résultats obtenus démontrent que tous les génomes chloroplastiques sont relativement conservateurs en termes de contenu génique, d’arrangement et de taille qui varie entre 122,048 à 123,46 pb. Chaque génome présente une paire de régions inversées, avec une variabilité dans la taille de la région de copie unique large allant de 59,760 pb à 76,699 pb, ainsi que dans la taille de la région de copie unique petite qui s’étend de 43,183 pb à 59,760 pb. Le nombre total de gènes chez toutes les espèces se situe entre 95 et 111, codant pour des protéines, 4 gènes d’ARN ribosomique et de 30 à 34 gènes d’ARN de transfert. Le contenu global en GC (Guanine, Cytosine) varie entre 35,55 % et 40,79%. Des variations ont été observées dans le nombre de séquences simples répétées, ainsi que dans la présence des gènes hypothétiques parmi les différentes espèces. L’analyse phylogénétique a mis en évidence des liens étroits entre les espèces, mais également une proximité génétique chez celles géographiquement proches. Cette étude fournit pour la première fois une caractérisation de l’ADNcp de quatre espèces des mélèzes offrant ainsi des données cruciales pour orienter les initiatives de conservation et éclairer les mécanismes évolutifs du genre Larix et de ses espèces apparentées.

Type de document: Thèse ou mémoires (Mémoire de maîtrise)
Directeur ou directrice de recherche: Lamara, Mebarek
Codirecteurs de mémoire/thèse: Bergeron, Yves
Mots-clés libres: mélèze, génome chloroplastique, diversité, SSR, phylogénie, Illumina NovaSeq 6000
Divisions: Forêts > Maîtrise en écologie
Date de dépôt: 29 janv. 2025 14:50
Dernière modification: 29 janv. 2025 14:50
URI: https://depositum.uqat.ca/id/eprint/1639

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